菌数を検査することはできません
また、無菌検査に使用することもできませんATPふき取り検査では、食品由来のATPと微生物由来のATPをあわせて検出します
ATPの量によって、全体として汚れの量が多いか少ないか、衛生的な環境であるかどうかを判断することは可能ですが、そのATPが食品に由来するものであるか、微生物に由来するものであるかを個別に知ることはできません
また、食品や微生物の種類によってATP量が大きく異なり、食品（動物細胞や植物細胞）のATP量に比べると微生物のATP量はごくわずかですので、微生物の有無を調べることも不可能です