プレートを規定時間以上培養したらコロニー数が増えました　
これもカウントするのですか？（例：ペトリフィルム™ 生菌数測定用AＣプレートを48±3時間以上培養した場合）

カウントしないでください
一般的に生菌数は、「標準寒天培地を用いて好気的な条件下で35±1℃、48±3時間の培養で発育した中温性好気性菌数」のことを示しています
このように条件によって定義されているため、必ず規定の培養時間を守って測定してください