前増菌培地をオートクレーブ後、ボトルごとに培地の色が異なっていました　
どんな理由が考えられますか？

粉末が溶解していない状態でオートクレーブをかけた場合、培地の色が濃くなる傾向があります
オートクレーブにかける前にある程度溶解させてから、滅菌処理することをお勧めいたします